В случаях, если при производстве по делу об административном правонарушении или при возбуждении уголовного дела возникает необходимость в использовании специальных познаний в науке, технике, искусстве или ремесле, то должностное лицо, в производстве которого находится дело, или следователь соответственно выносят определение о назначении экспертизы. Назначение экспертизы условно можно разделить на две стадии: организационную и процессуальную. Несмотря на взаимосвязь этих стадий, каждая из них имеет определённую специфику.

В организационной стадии следователь на основе анализа собранных материалов, в том числе их полноты, оценки доказательств, с учетом целесообразности и разумной достаточности, принимает фактически управленческое решение о необходимости проведения экспертизы. Затем определяется перечень вопросов, подлежащих выяснению в ходе исследования. Исходя из поставленных целей, принимаются меры к выбору экспертного учреждения или сведущего лица, которому будет поручена экспертиза; проверяется специальность и компетентность эксперта, устанавливается его отношение к участвующим в деле процессуальным лицам, наличие либо отсутствие оснований для отвода; при необходимости принимается решение о предупреждении эксперта о неразглашении данных предварительного расследования; определяется объем представляемых эксперту материалов, а при их недостаточности - планируется и осуществляется дополнение информационной и исследовательской базы. Решается вопрос об ознакомлении подозреваемого либо обвиняемого с постановлением о назначении экспертизы. Следователем формулируются задачи, которые должны быть решены экспертом.

Процессуальная стадия назначения экспертизы состоит в вынесении мотивированного, обоснованного постановления о назначении соответствующей экспертизы; разъяснении прав и обязанностей эксперта; предупреждении эксперта об уголовной ответственности за дачу заведомо ложного заключения.

Инициатива назначения и производства соответствующей экспертизы может исходить не только от следователя, но и от подозреваемого, обвиняемого или его защитника, которые вправе ходатайствовать о проведении экспертизы перед следователем. Гражданский истец, гражданский ответчик или его представитель могут заявлять ходатайство о назначении экспертизы для решения вопросов, относящихся к предъявленному гражданскому иску (к примеру, для экспертного определения размера причинённого преступлением имущественного ущерба).